علمای شیعه نیز در کتابهای خویش در اثبات مسئله امامت به این مهم پرداخته و از جمله ی آنها مرحوم میرحامد حسین (ره) است که یک جلد از کتاب عبقات الانوار خویش را به این حدیث اختصاص داده است .

بسیارى از مفسران بزرگ شیعه و اهل سنّت در ذیل آیه 142 سوره اعراف، از رفتن موسى علیه السلام به مدت 40 شب به وعده گاه پروردگار و جانشین شدن هارون از او سخن گفته وحدیث منزلت رانقل کرده اند.

واما از مهمترین جایگاه های بیان حدیث منزلت در غزوه تبوک بوده که پیامبر صلى الله علیه وآله به سوى میدان تبوک حرکت کردند (تبوک نقطه اى بود در شمال جزیره عرب و هم مرز با قلمرو امپراطورى روم شرقى) که به پیامبر صلى الله علیه وآله خبر داده بودند امپراطورى روم شرقى لشکر عظیمى فراهم کرده تا به حجاز و مکّه و مدینه حمله کند، و پیش از آن که اسلام با برنامه خاص انسانى و آزادى خواهى به آن منطقه صادر شود، آن را در نطفه خفه سازد. پیامبر صلى الله علیه وآله با لشکر عظیمى عازم تبوک شد و على علیه السلام را به جاى خود قرار داد آنگاه على علیه السلام عرض کرد: آیا مرا در میان کودکان و زنان مى گذارى؟ (و اجازه نمى دهى با تو به میدان جهاد بیایم و در این افتخار بزرگ شرکت جویم؟) پیامبر صلى الله علیه وآله فرمود: «الا ترضى ان تکون منّى بمنزلة هارون من موسى الا انه لیس نبى بعدى»؟ ( آیا راضى نیستى که نسبت به من همانند هارون نسبت به موسى باشى جز این که پیامبرى بعد از من نخواهد بود؟ )

اگر سئوال شود که: هارون مرتبه خلافت و سایر مراتب را در زمان زندگی حضرت موسی داشته است، زیرا وی قبل از موسی درگذشت، پس ممکن است علی علیه السلام نیز منزلتهای هارون را در زمان حیات رسول خدا دارا بوده باشد؛ بنابراین، حدیث منزلت را نمی‌توان نص بر خلافت علی علیه السلام بعد از آنحضرت دانست؟ در مقابل علمای شیعه به این سوال دو پاسخ داده‌اند: اولا: کلمه استثنا (اِلّا أنـَّه لانبی بعدی) صراحت در عموم دارد و این شؤونات در زمان حیات و بعد از وفات رسول خدا صلی الله علیه واله برای علی علیه السلام ثابت است، وگرنه احتیاجی به استثنا نبود. به قول مرحوم طبرسی محدّثان اجماع دارند که پیامبر صلی الله علیه واله در ماجرای غزوه تبوک، علی علیه السلام را در مدینه جانشین خویش کرد و او را عزل نکرد و این مقام برای امام ادامه داشت.
ثانیا: هارون بنابر فرض شبهه، پس از موسی نبود که بخواهد خلافت داشته باشد. اگر هارون پس از موسی بود، قطعاً خلافت موسی را به عهده داشت چون‌شأن خلافت در او محقق شده بود. حضرت علی نیز مطابق حدیث،‌شان خلافت پیامبر صلی الله علیه واله را داشت و مادامی که او باشد و پیامبر صلی الله علیه واله نباشد، وی خلیفه خواهد بود.

بنابراین حدیث منزلت، علاوه بر فضیلت امام علی علیه السلام، بر خلافت و عصمت ایشان نیز دلالت دارد، زیرا پیامبر صلی الله علیه واله، به جز نبوت، همه فضائل و ویژگی‌ها و مناصب هارون را برای حضرت علی ثابت کرده است.
طبق آیات قرآن، حضرت موسی از خدا خواست تا برادرش هارون را وزیر او سازد و در امر رسالت شریکش گرداند تا یاری‌اش دهد. خدا با درخواست او موافقت کرد و هارون، در غیاب موسی، جانشین او شد؛ بنابراین، تمام مناصب حضرت موسی برای برادرش نیز بوده است و اگر او بعد از موسی زنده می‌ماند، جانشین وی می‌شد.